L'agence de l'eau n'assure pas directement la construction ni la gestion des équipements. Son rôle est d'apporter aux élus et aux usagers de l'eau, en collaboration avec les services de l'Etat, une vue d'ensemble des problèmes liés à la gestion de l'eau (les outils de la connaissance), et les moyens financiers qui leur permettent d'entreprendre une politique cohérente.

Les aides financières qu'elle accorde proviennent des redevances versées par les différents utilisateurs pour l'eau qu'ils prélèvent et les pollutions qu'ils rejettent. Ces fonds sont répartis en fonction des priorités d'action - le programme d'intervention - adopté pour une durée de cinq ans.

Budget 2001 : 300 millions d'euros
Effectif : 300 agents permanents, dont 100 dans les délégations à Nantes, Saint-Brieuc, Orléans, Le Mans, Poitiers et Clermont-Ferrand.